魔王の最後のあがきによる魔法が人類の約90パーセントを消し去ってから35年。廃墟と化した世界は、敵対する派閥と残存する怪物が争う戦場となっています。わずかな生存者たちは、レベルに応じて成長する奇妙な能力を持っていますが、文明の再建をめぐる闘いは、絶望的で冷酷なままです。
Neil Ashutが目を開けると、そこは妹のKanonの身体の中でした。そこで彼は、胸騒ぎのする現実を知ります。Kanonは秘密裏に戦い、すでに命を落としていたのです。そして、彼女の魔法少女チームを監督する妖精が、空っぽになった彼女の身体へNeilの魂を無理やり移していました。今や…